Su labor científica continúa: viaja a Flandes con fines de investigación histórica y genealógica (1601); trabaja en la navegabilidad de los ríos de Valladolid (1604-8); recorre Aragón (1610-11); viaja a Italia (1611) con el príncipe de Saboya, a quien entrega un Atlas, en parte de su autoría, hoy conservado en Turín; maestro del futuro Felipe III de Castilla (1612) y también de Cervantes y Lope de Vega. Como cronista mayor de Portugal acompaña al rey en su viaje a este reino (1618). En el reinado siguiente desaparecen con su muerte la Academia de Madrid y el último gran cartógrafo portugués del XVI.

El Itinerario es su diario del viaje, en el que anota (en portugués) observaciones geográficas y gran número de descripciones, datos e ilustraciones. Es un cuaderno de campo, distinto de los libros de viajeros, con gran interés para conocer muchos aspectos del pasado de Aragón. Se desconoce el original, pero el filólogo holandés Isaac Vossio (1618-1689) consiguió una copia que pasó a su muerte a la Universidad de Leiden. A través de otra copia realizada por Jordán de Asso para la Real Sociedad Económica Aragonesa cuando fue cónsul en Amsterdam (1776-78), será publicado en 1895 con prólogo de F. Sancho y Gil .