En 1573 le fue encomendada la censura de párrafos de algunas obras prohibidas por la Inquisición, con el fin de permitir su circulación corregida. Así adaptó el «Lazarillo de Tormes», la «Propaladia» de Torres Naharro, y las obras de Cristóbal Castillejo, cuidando de causar el menor daño posible.

En 1574 pasó a la Secretaría de Hacienda. Observó los eclipses de 27 de febrero y 26 de septiembre de 1577 y el de 15 de septiembre de 1578, empleando un instrumento de su invención.

Con las observaciones así recopiladas se determinaron las longitudes de muchos puntos importantes. Es autor del Mapa de la División de las Indias (1575) y de un trazado sobre «Navegación de España a las Indias Orientales». Concluyó una  «Geografía de las Indias», comenzada por santa Cruz, pero Felipe II prohibió su publicación y mandó que las seis copias manuscritas se guardaran en un armario bajo llave, al que sólo los miembros del Consejo de Indias tuvieran acceso.

En 1558, se supone que participó en la redacción de la encuesta de las  «Relaciones Topográficas», destinadas no sólo a Castilla, sino también a las Indias. En 1591 se le nombró Secretario del Rey, conservando el puesto de Cosmógrafo.

Se le supone encargado de los trabajos de Esquivel, por lo que pudiera ser el autor del « Atlas del Escorial», sea éste obra de aquel o de Santa Cruz.