(1505-1568). Nació en Villafranca de Oria. Era criado de Elcano y le acompañó en la expedición de Loaysa (1522-1532). A la muerte de Loaysa, en julio de 1526, seguida pocos días después por la de Elcano, tomó el mando Toribio de Salazar, que sólo los sobrevivió unas semanas, y después lo hizo Hernando de la Torre, que sostuvo la colonia contra los portugueses, hasta que en 1532 el Emperador vendió a éstos sus derechos sobre las Molucas por 350.000 escudos. Entonces los supervivientes fueron evacuados por sus adversarios, pero no alcanzaron Lisboa hasta 1536. En Lisboa quedó retenida toda la documentación cartográfica de Urdaneta.

A su regreso a España dirigió un Memorial al Emperador, instándole a proseguir la exploración del Pacífico. Aceptó una invitación de Pedro de Alvarado en 1538, para emprender una expedición desde México, que no llegó a efectuarse por la muerte del conquistador. Ingresó después en un convento mejicano de la Orden de San Agustín.

A su regreso a España dirigió un Memorial al Emperador, instándole a proseguir la exploración del Pacífico. Aceptó una invitación de Pedro de Alvarado en 1538, para emprender una expedición desde México, que no llegó a efectuarse por la muerte del conquistador. Ingresó después en un convento mejicano de la Orden de San Agustín.

En 1559 el Rey escribió a Urdaneta pidiéndole que se hiciera cargo de una nueva expedición; aceptó a pesar de su edad, y se hizo cargo de la construcción de la armada que había de mandar D. Miguel López de Legazpi. En la expedición participaron además de los tripulantes y soldados, cinco religiosos de la Orden para la evangelización. Urdaneta recibió nombramiento  de prelado. Salieron del puerto de Navidad (Jalisco, en México), el 21 de noviembre de 1564, llegando en enero de 1565 a las islas de los Barbudos, y el 22 del mismo mes a las Marshall, o de los Ladrones, donde encontraron a un marinero de la “Trinidad”, de la expedición de Magallanes, gracias al cual pudieron entenderse con los indígenas. El 13 de febrero entraron en las Filipinas; en Cebú Legazpi fundó en mayo la villa de San Miguel.

El 1 de junio de 1565, con la nave “San Pedro”, emprendió la búsqueda de una ruta de regreso de Filipinas a Nueva España, hasta entonces imposible. Desviándose hacia el Norte encontró la corriente del Kuro Shivo, que le condujo a Acapulco el 8 de octubre. La ruta fue llamada el “tornaviaje”, y se utilizó por la “Nao de Acapulco” hasta 1821, en que el último convoy fue incautado por el emperador mejicano Agustín de Iturbide.

Regresó a España para dar cuenta al Rey del descubrimiento, siendo recibido en Valladolid, donde mostró sus cartas a una junta de cosmógrafos.

En 1567 regresó a México, donde falleció el 3 de junio de 1568. En su tiempo tuvo fama de gran cartógrafo; el padre Mariano Cuevas, autor de una biografía de Urdaneta, publicó un mapa descubierto en la Biblioteca Nacional de Lima en 1935, en el que aparecen las rutas de Acapulco a Manila y las tres variantes del tornaviaje, que parece basado en una obra anterior de Urdaneta.